« Back to Solanum tuberosum search


Detailed information on CNT0007774


BLAST search results

BLAST vs PNRD: nothing found

BLAST vs Swiss-Prot:
sp|Q9H2C2|ARV1_HUMAN, E-value = 2e-07

BLAST vs NONCODE (A. thaliana): nothing found

Potential orthologs: nothing found

Most similar lncRNAs:
CNT0001977, E-value = 8e-14 (G. max)

Expression of CNT0007774

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (44 aa)
MLTKCWRYAQLKMRGVCLQALPHFWGFVERCSWASSLGISCSLA*

>peptide 2 (45 aa)
MVIKCGTESEKEISFRCVQCGFSVTTLYIQEIAKQLLMSTLNVNL*

>peptide 3 (37 aa)
MRAFCFHLQCENLGHSSLIHIKNGCATHPLHSLGAIL*

>peptide 4 (191 aa)
MCSVWILSYNSLHTGNCKAVADEYIECELMILVIDLILHKIKAYRHLFYNRFSRETLHNEVLLWKLSLGFLILDAYQMLAVCTTQDERSLPASFASFLGL
CGKVLMGVFFGNLMFLGIILFGTRKFLNAKIGDSRCKHILLSILVSSYFKIFVIAMMVWEFPSSVVFIIKMFVLSSNALALLGKKFFSKLI*

>peptide 5 (32 aa)
KNEKGKFWVSRSPLSPIGRRCRSSELITTENY*

Sequence

>CNT0007774
AAAAAAATGAAAAAGGAAAATTCTGGGTCTCCAGATCCCCACTGTCCCCCATCGGTCGCCGTTGCCGGTCATCGGAGTTAATCACGACAGAAAATTATTG
AGCTCAGTTTTTGTGCAAAATGGTGATAAAATGTGGAACTGAAAGTGAAAAGGAGATCAGCTTTAGATGTGTTCAGTGTGGATTCTCAGTTACAACTCTT
TACATACAGGAAATTGCAAAGCAGTTGCTGATGAGTACATTGAATGTGAACTTATGATATTGGTCATTGACTTGATTTTGCATAAAATTAAAGCTTACAG
ACACTTGTTCTACAATAGGTTCTCGAGAGAGACTTTGCATAATGAGGTCTTGTTGTGGAAATTATCTTTGGGTTTCCTGATTTTAGATGCTTACCAAATG
TTGGCGGTATGCACAACTCAAGATGAGAGGAGTTTGCCTGCAAGCTTTGCCTCATTTCTGGGGCTTTGTGGAAAGGTGCTCATGGGCGTCTTCTTTGGGA
ATCTCATGTTCCTTGGCATAATTCTATTTGGCACAAGGAAGTTTCTGAATGCAAAAATAGGAGATTCAAGGTGTAAGCATATATTGCTTTCAATCCTCGT
TTCGAGTTACTTCAAGATTTTTGTTATTGCCATGATGGTGTGGGAATTTCCCTCTTCCGTTGTTTTCATCATTAAAATGTTTGTCTTGTCATCTAATGCA
CTGGCATTACTGGGTAAGAAGTTCTTTTCGAAGTTAATTTGAAATTTGAAGTATGTGCACTAGACAATTTGCCAGCTTATGAAATTCGCCTGACAGTGGA
TTTAACCTTTTGCCATGAGAGCTTTCTGTTTCCATCTCCAATGTGAAAACTTAGGTCATTCAAGTTTAATCCATATTAAAAATGGTTGTGCTACTCATCC
TCTGCACTCTCTTGGTGCTATTCTTTAATATAATATGCATCAGGGTTGCGGATTAGTGAGTAGGCTCAGGCATTAACTTTTTGAGGCCAAAGCTAATTTG
TCCACATTTTGAAAGTTTGGTGTGCCAGGTGCCCGCTAGTTTAGACATTCAGTTGCCTGCTGGTGTAACTTTTCTTTGATCTAGTTAAATGTCATTGGTT
GTGTCCCTTTGGAAGGCTTAAAGATGAAAATGTATGCTTTGTGACTTTGGGTGTGAAGGTATTAGTTGGTAGGATTCATCAGAGCCTAGAGGTGTCGATA
TTTTATCCTTCCTCTCAGGAGTTGGATTGATATAAAAACTAACATTGGCATCTTAGAGATAGAATTCCATGTTTTTCTAAGAATTTAGAGGTTTTGATCA
GTATAACAAAGATTAGCAGAGTGAGTTACAGTGAACCTTGACGGGACATAAAGCACAACCATGCACATGGATACAGTATAGTGTGGATTGTTGAAGATGA
AAGGGGGAAAATAAGGAACCAGAATGTGGTGAATATGGGTTTGAATATTGACGAGGAGTTAAATTGCTGTCTCATTGCCAAACATGTGGTCATCCAAAAA
TAAATAATGTTAGCACTGCCGTAACTGTTGAGTTAGGTTGATGCCTATTCAGATATTGAACATTTTGAATTATATGAATAGAGTTGTTATCTGTTGGTTG
ATCCCTAGATATCACTAATATTCCTATAGCATTTA