ABOUT THIS RECORDspecies: Nicotiana benthamiana
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Nicotiana benthamiana Nicotiana Nicotianeae Nicotianoideae Solanaceae Solanales lamiids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATACTCCTTCCGTCCCAATTT miRNA* ATTGGGACAGAGAGGGTGTTT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
GTGGTTGAACAATACTCCTTCCGTCCCAATTTATCTGGTACCGTTTGATCAGGCACAGAGTTTAAGAATGATTTTGTTTTTTTATAACTTGTGGTTTTAA
ACTGGCACTAGATATTTGTATGAGTGTTAATCAACTCATTGAGGGTAAAATGGAATTTTGAAGTTCAATTATTTCTAAATATAGAAAGATGATATTCTTT
TTGTGACAGACCAAAAAGGAAAAATTGACACATAAATTGGGACAGAGAGGGTGTTTGAGATCAA
dot-bracket secondary structure
.(((((....(((((((.(((.(((((((((((((((((.((((((((.....((((.((((.(((((((....)))))))....))))))))...))))
)).)).))))))(((....))).((((((((....((.((...(((...((((((....(((..(((....((((((....))))))..)))..))).))
)))).....)))...)).))...)))))))).))))))))))).))).)))))))...))))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
GTGGTTGAACAATACTCCTTCCGTCCCAATTTATCTGGTACCGTTTGATCAGGCACAGAGTTTAAGAATGATTTTGTTTTTTTATAACTTGTGGTTTTAA
ACTGGCACTAGATATTTGTATGAGTGTTAATCAACTCATTGAGGGTAAAATGGAATTTTGAAGTTCAATTATTTCTAAATATAGAAAGATGATATTCTTT
TTGTGACAGACCAAAAAGGAAAAATTGACACATAAATTGGGACAGAGAGGGTGTTTGAGATCAA
dot-bracket secondary structure
.(((((....(((((((.(((.(((((((((((((((((.((((((((.....((((.((((.(((((((....)))))))....))))))))...))))
)).)).))))))(((....))).((((((((....((.((...(((...((((((....(((..(((....((((((....))))))..)))..))).))
)))).....)))...)).))...)))))))).))))))))))).))).)))))))...))))).
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
