ABOUT THIS RECORDspecies: Populus nigra
miRNA family: MIRf540
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Populus nigra Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CTGCATTTGCACCTGCATCTT miRNA* GGTGCAGGTGCAGGTGCAGGT mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATCTCATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGA
TACAGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAAT
GTTTTCACT
dot-bracket secondary structure
.......(((((((((.(((..((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..(((((((..((((((.((...(((..........))
)...)).))))))...(((.(((((...))))).))).))))))).))))))).)))..)))))))))))))))))))))))))).))))).))))).))
)).......
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
ATCTCATGCATGCCAATATGTTGCCTTTATCTGCATTTGCACCTGCATCTTTTGCGTTTGTTTTGTTTTTGACTCCACAAACAAAATCAAGTTCTGTCGA
TACAGTATGTGGGACAATTAGATATAGAGTGTTAGATATGGAAACTAATAAGCTTAGTTGAGGTGCAGGTGCAGGTGCAGGTGAATGCCATTTTGGTAAT
GTTTTCACT
dot-bracket secondary structure
.......(((((((((.(((..((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..(((((((..((((((.((...(((..........))
)...)).))))))...(((.(((((...))))).))).))))))).))))))).)))..)))))))))))))))))))))))))).))))).))))).))
)).......
SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR530b: 2e-72 PMRD ptc-miR530b: 2e-72 microPC miR1030: 4e-82 | UniProt no hits RFAM MIR530: 3e-71 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
