ABOUT THIS RECORDspecies: Coffea canephora
miRNA family: MIR414
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Coffea canephora Coffea Coffeeae Ixoroideae Rubiaceae Gentianales lamiids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCATCATCATCATCATCCTGT miRNA* GGGTGGTGCCTTTGATGGAG mismatches: 5 bulges: 1 |
pre-miRNA
ACATTCTGGCGGGTGGTGCCTTTGATGGAGCATCCATGAACCCGGCTGTGTCATTCGGGCCTGCCGTGGTCAGCTGGACCTGGACTCACCACTGGGTCTA
CTGGGCTGGCCCCATCGTTGGAGCTGTGATTGCTGCTGCTGTCTATGAAATCTTCTTCATGGACCATTCTCACGAGGCCGTGCCCGCCGCAGATTACTAG
GAAAAAAAAATTAAGAAAGGCTTATTTTTCCTTGCTTTGCTCTGTAATTTATGTGGGTCGAGAAGTTGGGGAGTTTTTCTCTTTTCTTTTGTTTTCAGCG
CTTTTTTTTTTCCCTTCATCATCATCATCATCATCATCCTGTCCTGTGGCG
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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ACATTCTGGCGGGTGGTGCCTTTGATGGAGCATCCATGAACCCGGCTGTGTCATTCGGGCCTGCCGTGGTCAGCTGGACCTGGACTCACCACTGGGTCTA
CTGGGCTGGCCCCATCGTTGGAGCTGTGATTGCTGCTGCTGTCTATGAAATCTTCTTCATGGACCATTCTCACGAGGCCGTGCCCGCCGCAGATTACTAG
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CTTTTTTTTTTCCCTTCATCATCATCATCATCATCATCCTGTCCTGTGGCG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt sp|P25818|TIP11_ARATH: 3e-19 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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non-miRNEST targets: none
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