ABOUT THIS RECORDspecies: Lotus japonicus
miRNA family: MIRf375
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Lotus japonicus Lotus Loteae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AGCAGCAGCAGCATCATCAGC miRNA* TGGTGAGAGCTGGTGTTGTTAG mismatches: 4 bulges: 1 |
pre-miRNA
TGGAGGAGTTCTTGGTGAGAGCTGGTGTTGTTAGAGAAGACGCGAAGAACGATGCGGTTTTCGCTGATCTGGCTCGTGCTGGGAACAATAGTGGTTTGGG
ATTTGAGTTTCAGGCTCAGCAGATGAACAGGATTGCTGGTTTGATGGGTGGTAATAATAGGATTCCTGGTGCCAGTGATGATCCAATTGTGTCTCTTCAG
AATTCTACCAATTTGCCCTTGAATGCTAATGGTTTCAGATCACCAAATCAGCAACAACAGATGCAGAATTCACATCAGCAGAATCATCAGCAGCAGCAGC
ATCATCAGCAACAACAGA
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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ATCATCAGCAACAACAGA
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt sp|Q9M7Q4|AI5L5_ARATH: 0.0004 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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