ABOUT THIS RECORDspecies: Panicum virgatum
miRNA family: MIR156
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Panicum virgatum Panicum Paniceae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGACAGAAGAGAGAGAGCACG miRNA* GCCTTTATTTTTTTTTCAGG mismatches: 3 bulges: 1 |
pre-miRNA
GGGCGGCCTTTATTTTTTTTTCAGGACATCGTAACAATCCAAAATTCAAAGTTTCGGACATCAGGAAACCAAGTCCGCTTCCTCGGAACCGGGGCAATGG
AGGCACCAACCGAAGGAAGCATCATTGCATCAGGGCATAGTGGGAAAAGGAGTCCTCGAACAAGGATGGTTTTGGGAGCTGGACCTCATGAGTTGTTGGG
ATGGCGCTGCCACTGCCACTGCCACTGCCAAGGGGGTCGAGAGCCTGAAACCGCGCATGAAGATCAAGCGCTGTGCCGTCTTGCCAGAGCCCTGGTGATG
AAGCTTGCATCACTGTGTTGGAGGTGCTGGCGAGGGTGCTCAGGCCAGGGTGCAGCTGAGTGGTAGGGTGGTTGTTGCCAGCACCAGCCGAATTGTTTGA
CAGAAGAGAGAGAGCACGCTGA
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase dan-mir-289: 0.000006 PMRD pts-miR157: 0.00000002 microPC miR157: 0.0003 | UniProt sp|A3A2Z8|SPL3_ORYSJ: 0.000000000002 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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