ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus pinaster
miRNA family: MIRf839
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Pinus pinaster Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGGTAGTTTTTGCCTCCTGC miRNA* AGGGGCCAAGGACGAGCTAGAG mismatches: 4 bulges: 1 |
pre-miRNA
GCATACCATTCTGTTTCCCATGCTGATTCCTTTGGTAGTTTTTGCCTCCTGCCTGATTGCCTTACTACCAATCTAAGCAATATTGGATAGGTACTCAGCA
CCTGAAACAGGAGGCGGTATTCAGTTGACAAGAAGTGGTAATCTGGCTACCAGGCACCTACTTTTGTCAAGGTATGAATTGGAAATCTTGCCGGCCTGGA
AGATAATTCTATAGTTTTTGTTGAAGTCAGCAGTTGAATCTGCGAGGTATTTCAAATAGGCACTGAGCACTCTGGTGGCTGAGCAGATCCGTTTTTAGTT
CCCCTTCTTTATTTTCTCAGATCCGTAAGTGGGTGGTGATATGGGCCGCGGCCGAGGCAAAGGGAAGAAGCTAACAGCGGTTTCTAGTCATGAGGATCCG
GGGAGCGGGGGTGAGGAATTCATTCCTGCTTACAGGAGAAGAGGCCGCCCTCAGAAAGGGGCCAAGGACGAGCTAGAGGATGAAGAGGTGGAGAAGATTG
AAGAAG
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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AAGAAG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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