miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse
Home
Browse miRNAs
Deep-seq predictions
Mirtrons
miRNA genes
Degradomes
Download
Upload
Contact
Back to search results
ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST003888
species:
Oryza sativa
miRNA family:
MIRf75
source:
miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa
Oryza
Oryzeae
Ehrhartoideae
BEP clade
Poaceae
Poales
commelinids
Liliopsida
Magnoliophyta
Spermatophyta
Euphyllophyta
Tracheophyta
Embryophyta
Streptophytina
Streptophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
CGCGAGATAAATCTATTGAGC
miRNA*
CTAAAAATTCGTCTCATGAA
mismatches:
5
bulges:
1
View larger
pre-miRNA
ACAAAACCTATTCTATAATCTTAGACTAATT
CGCGAGATAAATCTATTGAGC
CTAATTAATTCATGATTAGCCTATGTGAAGCTACCGTATAAATATGCT
AATTATGGATTAATTATGCTGATAAAATTTGTATCGCATATTAACTCTCATTTATGTAATTTGATTTATTATTAATTTATATGTAATACTTCCAGTTAGT
GTCTAATATAGTCCTTGGCACATCGGATGTTTAGACGCTGATTTCGAGAATTAAATATAGACTAATTATAAAACTGATTGCATAAATGAGAGCTAATTCA
CGAGATAAATTTTTTAAGCCTAATTAATCTATAATTAGCACATATTTAATGCTAGCATCACATACACTATAATCATGGATTAATTATGC
CTAAAAATTCG
TCTCATGAA
TTACGTCTTATTTATGCAATTA
dot-bracket secondary structure
.........(((.(((((....(((((((((
((.(((((.(((...(((.((
.(((((((((((((((((...(((((((.((((.(((.((((((((((
((((((((((((((((.(((...(((((((((.(((...((((.(((((((((((((((((...(((((.((((.(((((((.((((.(((..(((((((
((((((....((((..........))))..)))))))))))))..))).)))).))))))).)))).)))))...))))))))))))))))).))))...
))).)))))))))...))).))))))))))))))))))))..))))))))).)))).))))))).....))))))))))))))))).))
.)))..))).)
)))).))))
))).))))...))))).)))..
SIMILARITIES
miRBase
osa-MIR445d
:
4e-22
PMRD
osa-miR445d
:
4e-22
microPC
no hits
UniProt
no hits
RFAM
no hits
most similar mature miRNAs
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
true miRNA
Source sequences
download this record