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ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST003942
species:
Oryza sativa
miRNA family:
MIRf542
source:
miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa
Oryza
Oryzeae
Ehrhartoideae
BEP clade
Poaceae
Poales
commelinids
Liliopsida
Magnoliophyta
Spermatophyta
Euphyllophyta
Tracheophyta
Embryophyta
Streptophytina
Streptophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
GTGTGTGTATGACAGGTAGAT
miRNA*
CTTGTTGTGTTCTACATATGCAC
mismatches:
4
bulges:
2
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pre-miRNA
ATTCCACCATCAAAATTTAATGTATCCAGCAT
CTTGTTGTGTTCTACATATGCAC
GAGAAGGTTCATTATATATATCCCCTCACTGCTCCACTTGTTTCA
GTCCATGCCATAGTGCTTATTACCAACTTAGCTTGCGAACTATGATAATACTTCCTGCAAGTGCCATAATACCCACCATGGAACATAGGCATCAGAGGCG
TCAGTATCTTTGGGTCATCCATGAGAAAAAAACATTGCAGAGATCACGAGATCACTAGACAAGTGTCTCTACGGACTATTCTGGTATATGATTATCGGTA
CCATCATGGAAGCTGCCATGTCACTGGGACCTGATTCTGTTGCAAATAACAAGATACTGGCATTCTTGAAGCCCTGGTTGACGTAGTGCTGTCACGACAT
TTCGCATTTTACCCATGTTTGATCTGTGATCTGGGCTATGTTTAGTTGGATTCAAAGTTTAGATTTTGGTTAAAATTGAAGATGATGTGACTGAAAAGTT
GTGTGTGTATGACAGGTAGAT
GTGATGGAAAAGTACTGAAGTTTGAAGTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase
no hits
PMRD
osa-miRf10450-akr
:
0.00000003
microPC
no hits
UniProt
no hits
RFAM
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
true miRNA
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