miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse

Back to search results



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST003962
species: Oryza sativa
miRNA family: MIR806
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
ATGTGCTAAAAAGTCAATGGT

miRNA*
TATTGATCTTTTAACACATGT

mismatches: 3
bulges: 0

View larger
pre-miRNA
AATTACTCCCTCCGTTTCGTTTTATTTGATACTATTGATCTTTTAACACATGTTTGACCGTTCATCTTATTCAAAAACTTTTGTAAAATATGTAAAACTA
TACGTATGCATAAAAGTATATTTAACAATGAATCAAATTATAAGAAAAAAATAAATAATTATTTAAATTTTTTTGAATAAAACAAACGGTTCAAACATGT
GCTAAAAAGTCAATGGT
TGTCAATTAAAACGAAACCGGAGGGAGGA


dot-bracket secondary structure
.....(((((((((((((((((((.((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((....((((((((((((((((((...(((((((......
)))))))..))))))))..((((((..((((...........................))))))))))..))))))))))....))))).))))))))))
).))))).)))))))).
)))))).)))))))))).)))))))))..



SIMILARITIES
miRBase osa-MIR806e: 3e-25

PMRD oru-miR806: 1e-27

microPC miR806: 2e-59
UniProt no hits

RFAM MIR806: 1e-49
most similar mature miRNAs

MORE

miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record





Liczniki na strone;