ABOUT THIS RECORDspecies: Vitis vinifera
miRNA family: MIR845_3
source: miRBase, original name: vvi-MIR845a (MI0007974)
Taxonomy by NCBI:
Vitis vinifera Vitis Vitaceae Vitales rosids incertae sedis rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAGCTCTGATACCAATTGATA miRNA* TTAGTTCCTTCATGAGTTATT mismatches: 4 bulges: 2 |
pre-miRNA
TTTCACTTGATTAGTTCCTTCATGAGTTATTGCAAGTAATCTCCAAATTTCCTTAGCGGATTTACATTGACATATTCTATTATATTCATTCCTATCCATA
GCACATTGCAAAGTAAAAACGACTTTAGCATTTAATTGAAAATTTCTTCTATCAAGCTCATTCCATTCTTGCTTGGGTTTTGGAACCAAAATTCCATCAA
CTAATTTAGTGGGTAAAGTTGGGCCATCTTCAATGGCATCCCATACATCTAAATCAGTTGATTGTAAGTACCAAGTCATTCTAGCTTTCCAATAGGGATA
GTCGGTTCCCGTAAAGAATGGAGCTCTATGTTTTGAACAATTTTCAGTTTGAGATGAGCTTGATGGAATAGCCATTTTCCTCTTAGATGATTAAGTCTTA
AGCAAGAGGTCTAGCTCTGATACCAATTGATAAAACAAAGGC
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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[1] Jaillon O, Aury JM, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A, Choisne N, Aubourg S, Vitulo N, Jubin C, Vezzi A, Legeai F, Hugueney P, Dasilva C, Horner D, Mica E, Jublot D, Poulain J, Bruyere C, Billault A, Segurens B, Gouyvenoux M, Ugarte E, Cattonaro, Nature. 449:463-467(2007)., "The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla"
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GTCGGTTCCCGTAAAGAATGGAGCTCTATGTTTTGAACAATTTTCAGTTTGAGATGAGCTTGATGGAATAGCCATTTTCCTCTTAGATGATTAAGTCTTA
AGCAAGAGGTCTAGCTCTGATACCAATTGATAAAACAAAGGC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD vvi-miR845a: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: vvi-miR845a from PMRD (MNEST054903) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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[1] Jaillon O, Aury JM, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A, Choisne N, Aubourg S, Vitulo N, Jubin C, Vezzi A, Legeai F, Hugueney P, Dasilva C, Horner D, Mica E, Jublot D, Poulain J, Bruyere C, Billault A, Segurens B, Gouyvenoux M, Ugarte E, Cattonaro, Nature. 449:463-467(2007)., "The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla"
