ABOUT THIS RECORDspecies: Vitis vinifera
miRNA family: MIR3631
source: miRBase, original name: vvi-MIR3631a (MI0016027)
Taxonomy by NCBI:
Vitis vinifera Vitis Vitaceae Vitales rosids incertae sedis rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CATGTTGACATCATCCAATATA miRNA* TATTGGATGATGTCAACAAGTT mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
AGGTGGTGTTTGGTCTTTGGTTGAATAGAAAAAGTCAAAATATTTGGCTTTTTCTATTCAGCTAAAAGTAACATGTTGACATCATCCAATATAATTAAAC
TGAACCTATTGATAACAAGTTCATTTTAGCTATATTGGATGATGTCAACAAGTTACTTTTAACTGAATAGAAAAAGCCAAATATTTTGGCTTTTTCTATT
TAGCCAAAAAACAAACACCACCT
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: Solexa
deep sequencing data evidence
references
[1] Pantaleo V, Szittya G, Moxon S, Miozzi L, Moulton V, Dalmay T, Burgyan J, Plant J. 62:960-976(2010)., "Identification of grapevine microRNAs and their targets using high-throughput sequencing and degradome analysis"
AGGTGGTGTTTGGTCTTTGGTTGAATAGAAAAAGTCAAAATATTTGGCTTTTTCTATTCAGCTAAAAGTAACATGTTGACATCATCCAATATAATTAAAC
TGAACCTATTGATAACAAGTTCATTTTAGCTATATTGGATGATGTCAACAAGTTACTTTTAACTGAATAGAAAAAGCCAAATATTTTGGCTTTTTCTATT
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dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase vvi-MIR3631b: 2e-59 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: Solexa
deep sequencing data evidence
references
[1] Pantaleo V, Szittya G, Moxon S, Miozzi L, Moulton V, Dalmay T, Burgyan J, Plant J. 62:960-976(2010)., "Identification of grapevine microRNAs and their targets using high-throughput sequencing and degradome analysis"
