ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR812
source: miRBase, original name: osa-MIR812a (MI0005233)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GACGGACGGTTAAACGTTGGAC miRNA* CCAAAGTTTGATCGTTCGTCTT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
ACCTCCGTCCCAAAATAAGTGCAGTTTTACACTATTCATCTCCAAAGTTTGATCGTTCGTCTTATTTGAAAATTTTTTATGATTACTATTTTTATTGTTA
TTACATGATAAAACATGAATAGTATTTTATGTGTGACTAATTTTTTTAAAAATTTTCATAAATTTTTCAAATAAGACGGACGGTTAAACGTTGGACACGG
ATTTTCACGGCTGCACTTATTTTGAAACGGAGGT
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HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned, Northern
references
[1] Luo YC, Zhou H, Li Y, Chen JY, Yang JH, Chen YQ, Qu LH, FEBS Lett. 580:5111-5116(2006)., "Rice embryogenic calli express a unique set of microRNAs, suggesting regulatory roles of microRNAs in plant post-embryogenic development"
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR812n: 7e-32 PMRD osa-miR812a: 5e-119 microPC miR812: 0.00000000000005 | UniProt no hits RFAM MIR806: 2e-69 |
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[1] Luo YC, Zhou H, Li Y, Chen JY, Yang JH, Chen YQ, Qu LH, FEBS Lett. 580:5111-5116(2006)., "Rice embryogenic calli express a unique set of microRNAs, suggesting regulatory roles of microRNAs in plant post-embryogenic development"
