ABOUT THIS RECORDspecies: Hordeum vulgare subsp. Vulgare
miRNA family: MIR172
source: PMRD, original name: hvv-miR172d
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AGAATCCTGATGATGCTGCAG miRNA* GCAGCATGGGAAATACA mismatches: 6 bulges: 4 |
pre-miRNA
CTTGGGCAGCATGGGAAATACAGTCATGAATCCAATCCACTACATGAAACCGCCCCGGCGCAAGACCGAAAACGCTGAAACGCCGGAGGAGCAAAAAAGA
TACTGGCTTCCCAGAACATTTACAGTATGGCTTCTTTTTCAGCGGGGGTGGTGGTGGTGGTGTTGGTTGCTTGACGACGATGATGGAGCCATCGGGTCGA
ACCGGAATGAGGCCGATGGGGCGGCGGGGGCAGCTGCCGCGGCTGTTTTGGAGAATCCTGATGATGCTGCAG
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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CTTGGGCAGCATGGGAAATACAGTCATGAATCCAATCCACTACATGAAACCGCCCCGGCGCAAGACCGAAAACGCTGAAACGCCGGAGGAGCAAAAAAGA
TACTGGCTTCCCAGAACATTTACAGTATGGCTTCTTTTTCAGCGGGGGTGGTGGTGGTGGTGTTGGTTGCTTGACGACGATGATGGAGCCATCGGGTCGA
ACCGGAATGAGGCCGATGGGGCGGCGGGGGCAGCTGCCGCGGCTGTTTTGGAGAATCCTGATGATGCTGCAG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase bdi-MIR172d: 4e-24 PMRD hvv-miR172a: 1e-141 microPC miR172: 0.0002 | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: hvv-miR172b from PMRD (MNEST048665) |
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