ABOUT THIS RECORDspecies: Liriodendron tulipifera
miRNA family: MIR159
source: PMRD, original name: ltu-miR159
Taxonomy by NCBI:
Liriodendron tulipifera Liriodendron Magnoliaceae Magnoliales magnoliids Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA miRNA* ATGCTCTTTTACTCCTTGGT mismatches: 9 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCATGCTCTTTTACTCCTTGGTGTTTGGCCTACTGGTTTGGTGGGCCACTGTTGATCTGCTGTAGACCAGATCAACG
GCTAGGATTCCTGCAAATCAGCATCCTCTTTTTATTGGAAATAAAACTGATGTTGTCATGAAATTCTTTGTAAGCATGCTCCACCCTTGTTCTTCAGTTG
TATTCAGTGTGTGGCCCATCCACCATGAGGCCTGCTCGATGAACTGCTTCGATTCGCAGATGTTCTTTTGGAAGATTTTACTGTTCTTTACTTTAATTTT
AATGAGCGTTAACGGGTGGATCTCCCCTTGCAGGAAATTGATATC
dot-bracket secondary structure
...(((...((((((((..........))))))))..)))..((((((.((((((((.....)))))))).(((((((((((........))))))))))
)......(((((((((..(((((((....((((((.....))))))..)))))))........................(((((((....(((((.....
..((((.((.(((((((((.....))).)))).)).)).))))((((........))))...........)))))..(((.(((((..............
...))))).))).))))))).......)))))))))...))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
download this record
TTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCATGCTCTTTTACTCCTTGGTGTTTGGCCTACTGGTTTGGTGGGCCACTGTTGATCTGCTGTAGACCAGATCAACG
GCTAGGATTCCTGCAAATCAGCATCCTCTTTTTATTGGAAATAAAACTGATGTTGTCATGAAATTCTTTGTAAGCATGCTCCACCCTTGTTCTTCAGTTG
TATTCAGTGTGTGGCCCATCCACCATGAGGCCTGCTCGATGAACTGCTTCGATTCGCAGATGTTCTTTTGGAAGATTTTACTGTTCTTTACTTTAATTTT
AATGAGCGTTAACGGGTGGATCTCCCCTTGCAGGAAATTGATATC
dot-bracket secondary structure
...(((...((((((((..........))))))))..)))..((((((.((((((((.....)))))))).(((((((((((........))))))))))
)......(((((((((..(((((((....((((((.....))))))..)))))))........................(((((((....(((((.....
..((((.((.(((((((((.....))).)))).)).)).))))((((........))))...........)))))..(((.(((((..............
...))))).))).))))))).......)))))))))...))))))
SIMILARITIES| miRBase vvi-MIR159c: 0.000001 PMRD vvi-miR159c: 0.000001 microPC miR159: 0.0003 | UniProt no hits RFAM MIR159: 0.00002 |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
download this record
