ABOUT THIS RECORDspecies: Medicago truncatula
source: PMRD, original name: mtr-miR2199
Taxonomy by NCBI:
Medicago truncatula Medicago Trifolieae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GATACACTAGCACGGATCAC miRNA* GATCCGTTCTAGTGTATCAT mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATGTGCTGTGCAATTGTGATCCGTTCTAGTGTATCATACAATTCACAGCTTAATATTGATTAATTCCAGTTTATTAATTTGGAATATATATCTTTTGATA
GAGGCCTAGGTCACTAATTTTCTTGTTTTAATATATTTAAGAAAATATCATATGATATCTTCTACATATATCAAGATTAACCGTATAGTTTAATGGCCTT
TATATGAAAATTTTTATGTTCTTAAACTAAACTGGAAATATTTGAGAGCTGGGATATTTTTGATACACTAGCACGGATCACCGTTGTGGGTCACGTA
dot-bracket secondary structure
(((((.(.((((((.(((((((((.(((((((((((....((((.((((((....(..(.((.((((((((((.......((((((((.(..((((.(((
((((((......((((........(((((.((((((...((((.(((((....))))).))))..)))))).)))))........)))).....))))))
)))...))))..).)))))))).....)))))))))).)).)..))))))))))).....))))))))))).))))))))).)))))).).))))).
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
download this record
references
[1] Jagadeeswaran G, Zheng Y, Li YF, Shukla LI, Matts J, Hoyt P, Macmil SL, Wiley GB, Roe BA, Zhang W, Sunkar R, New Phytol. 184:85-98(2009)., "Cloning and characterization of small RNAs from Medicago truncatula reveals four novel legume-specific microRNA families"
ATGTGCTGTGCAATTGTGATCCGTTCTAGTGTATCATACAATTCACAGCTTAATATTGATTAATTCCAGTTTATTAATTTGGAATATATATCTTTTGATA
GAGGCCTAGGTCACTAATTTTCTTGTTTTAATATATTTAAGAAAATATCATATGATATCTTCTACATATATCAAGATTAACCGTATAGTTTAATGGCCTT
TATATGAAAATTTTTATGTTCTTAAACTAAACTGGAAATATTTGAGAGCTGGGATATTTTTGATACACTAGCACGGATCACCGTTGTGGGTCACGTA
dot-bracket secondary structure
(((((.(.((((((.(((((((((.(((((((((((....((((.((((((....(..(.((.((((((((((.......((((((((.(..((((.(((
((((((......((((........(((((.((((((...((((.(((((....))))).))))..)))))).)))))........)))).....))))))
)))...))))..).)))))))).....)))))))))).)).)..))))))))))).....))))))))))).))))))))).)))))).).))))).
SIMILARITIES| miRBase mtr-MIR2199: 2e-88 PMRD lja-miR2199: 0.000004 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
download this record
references
[1] Jagadeeswaran G, Zheng Y, Li YF, Shukla LI, Matts J, Hoyt P, Macmil SL, Wiley GB, Roe BA, Zhang W, Sunkar R, New Phytol. 184:85-98(2009)., "Cloning and characterization of small RNAs from Medicago truncatula reveals four novel legume-specific microRNA families"
