ABOUT THIS RECORDspecies: Vitis vinifera
miRNA family: MIR845_3
source: PMRD, original name: vvi-miR845b
Taxonomy by NCBI:
Vitis vinifera Vitis Vitaceae Vitales rosids incertae sedis rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAGCTCTGATACCAATTGATA miRNA* TTAGTTCCTTCATGAGTTATT mismatches: 5 bulges: 2 |
pre-miRNA
TTTCACTTGATTAGTTCCTTCATGAGTTATTTCAAGCAATCTCCAAATTTCCTTAGCAGATTTACATTGGCATATTCTATTATATTCATTCCTATCCATA
GCACATTGCAAAGTAAAAACGACTTTAGCATTTAATTGAAAATTTCTTCTATCAAGCTCATTCCATTCTTGCTTGAGTTTTGGAACCAAAACTCCATCAA
CTAATTTAGTGGGAAAAGTTGGGCCATCTTCAATGACATCCCATACATCTAAATCAGTTGATTGTAAGTACCAAGTCATTCTAACTTTCCAATAGGGATA
GTCGGTTCCCGTAAAGAATGGAGCTCTATGTTTTGAACAATTTTCAGTTTGAGATGAGCTTGATGGAACAACCATTTTCCTCTTAGATGATTAAGTCTTA
AGCAAGAGGTCTAGCTCTGATACCAATTGATAAAACAAAGGC
dot-bracket secondary structure
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[1] Jaillon O, Aury JM, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A, Choisne N, Aubourg S, Vitulo N, Jubin C, Vezzi A, Legeai F, Hugueney P, Dasilva C, Horner D, Mica E, Jublot D, Poulain J, Bruyere C, Billault A, Segurens B, Gouyvenoux M, Ugarte E, Cattonaro, Nature. 449:463-467(2007)., "The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla"
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CTAATTTAGTGGGAAAAGTTGGGCCATCTTCAATGACATCCCATACATCTAAATCAGTTGATTGTAAGTACCAAGTCATTCTAACTTTCCAATAGGGATA
GTCGGTTCCCGTAAAGAATGGAGCTCTATGTTTTGAACAATTTTCAGTTTGAGATGAGCTTGATGGAACAACCATTTTCCTCTTAGATGATTAAGTCTTA
AGCAAGAGGTCTAGCTCTGATACCAATTGATAAAACAAAGGC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD vvi-miR845a: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: vvi-MIR845b from miRBase (MNEST041694) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Jaillon O, Aury JM, Noel B, Policriti A, Clepet C, Casagrande A, Choisne N, Aubourg S, Vitulo N, Jubin C, Vezzi A, Legeai F, Hugueney P, Dasilva C, Horner D, Mica E, Jublot D, Poulain J, Bruyere C, Billault A, Segurens B, Gouyvenoux M, Ugarte E, Cattonaro, Nature. 449:463-467(2007)., "The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla"
