miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse

Back to search results



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST055593
species: Vitis vinifera
miRNA family: MIR156
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Vitis vinifera Vitis Vitaceae Vitales rosids incertae sedis rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
 TGACAGAAGAGAGAGAGCACA

miRNA*
 TTTTTTTTTTTTTTTAGG

mismatches: 4
bulges: 0
View larger
pre-miRNA
 TTTACAGCGGGCCCNCTCGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGTCTCAAAAACAAAGATCAAGAGCCACTTTTGTTTTTCCCAGCAAAACAATGATCAAGA
ACCATTTGGTTTTTCTCCTAGCAAAACACAAGATCAGGAGGTATCCACCTGAAGGATATTCGTAAGTAGTTTTTTGAACCAAAGCTGTTAAAGGTGTTCA
TACAAACCAGATGGTAAGTTGGCACCTAAAGTGACCAGTGCATCTGCTGAGTGGAAGAGTCATAAGCCCTGGAGTGCTCGAGTTCCATGTATTGCCTTCC
ACTCTGTTGGGGCAACTCGCCCCCACCTGAGAACTGGCTATTAATAGGCTGTGAAATTTGACCAAGACCAAGATCAGGTGGCATCTCCTGCGAACTGCTA
CTACCTTCATTGCCCTTGAAATCCCACGAGGTGCTTGGGAAGTGATTGATAGCTGCACTATGAGGAGCTGTGGGTTGCGCCATGGATGCCCCTTCAGGAT
TCATGAAGCTGTTTGCTCCAAGACCAGATGCTCGATTCCTGGAGCTCCATGGCTGATTTGACAGAAGAGAGAGAGCACAGCTTGAGTCGGAGGCCCCTGT
GAAACATT

dot-bracket secondary structure
(((((((.((((((.(((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((((............)))))))))((((((((...((((((..((((
(((....)))))))....(((((...........((((((((..((((((((.......((.....(((..(((((......((((((((.(((((((..
.((..(((....)))..)).)))))))...(((.(((((...((....(((((((((.((.(((.....((((((......))))))..))).)))))))
)))).((.(((((.....))))).))..))..))))).)))))))).))).))))).))).....))......)))))))).)))))))).....)))))
......)))))).(((((........)))))))).))))).((((((.((((((.((...))...)))))).))))))((((((((.((...(((((((.
((....(((.(((((.((...)).)))))))).)).))))))))))))))))).))))))).)))))))))))))...))))))))..)..)))))))))
))).....


SIMILARITIES
miRBase bdi-MIR156: 0.0000000000001

PMRD bdi-miR156: 0.0000000000001

microPC miR157: 0.0001		UniProt sp|Q700W2|SPL9_ARATH: 0.000000002

RFAM no hits		most similar mature miRNAs

MORE

miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
Source sequences
download this record




Liczniki na strone;