ABOUT THIS RECORDspecies: Medicago truncatula
miRNA family: MIR2629
source: miRBase, original name: mtr-MIR2087 (MI0010544)
Taxonomy by NCBI:
Medicago truncatula Medicago Trifolieae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GAAGTAAAGAACCGGCTGCAG miRNA* GCAGTCGGTTTCTTACTTCGG mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
GCTTGATGAAAACTGCTCTTGACACATATGATAGAGCTAAAAAACATATGTAAAAGACGAAAATGCCCATGTAGCAGTTTACTACCGAAGTAAAGAACCG
GCTGCAGTTAACTGCTGAAGTGTGAAGTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCGTCGGCAGTTAACTGCAGTCGGTTTCTTACTTCGGTAGTTAACCGTTGCAG
GGGCATTTTCGTCATTTACATGTGTTTTTCAGCCCTATCATATGTGTCAACAGCAATTTTCTAGC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: Northern, Solexa
references
[1] Szittya G, Moxon S, Santos DM, Jing R, Fevereiro MP, Moulton V, Dalmay T, BMC Genomics. 9:593(2008)., "High-throughput sequencing of Medicago truncatula short RNAs identifies eight new miRNA families"
GCTTGATGAAAACTGCTCTTGACACATATGATAGAGCTAAAAAACATATGTAAAAGACGAAAATGCCCATGTAGCAGTTTACTACCGAAGTAAAGAACCG
GCTGCAGTTAACTGCTGAAGTGTGAAGTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCGTCGGCAGTTAACTGCAGTCGGTTTCTTACTTCGGTAGTTAACCGTTGCAG
GGGCATTTTCGTCATTTACATGTGTTTTTCAGCCCTATCATATGTGTCAACAGCAATTTTCTAGC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase mtr-MIR2629c: 0.00005 PMRD mtr-miR2087: 2e-112 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: Northern, Solexa
references
[1] Szittya G, Moxon S, Santos DM, Jing R, Fevereiro MP, Moulton V, Dalmay T, BMC Genomics. 9:593(2008)., "High-throughput sequencing of Medicago truncatula short RNAs identifies eight new miRNA families"
