ABOUT THIS RECORDspecies: Sorghum bicolor
miRNA family: miR159a
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Sorghum bicolor Sorghum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GAGCTCCTATCATTCCAATGA miRNA* TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
CTGATGCTTGGATTCGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCCTTTTCATGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCA
TCATGTATCTGTGTATGTACTCTAGAGGGCCGGAGAAGAGATTCATGTGGTCGTCAGTCTTTGAGATAGGCTTGTGATTTGCATGACCGAGGAGCTGCAC
CGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCATCCATT
dot-bracket secondary structure
..((((..((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((.....((.(((((((...(((.((((.(((((.....(((...(((((((((
...((..((((.((....))..)))).(((((..(((....)))...)))))..)).....)))))))))...))).....))))).)))).)))...))
)).)))..))..))))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))..))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
CTGATGCTTGGATTCGAAGCGGAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCCTTTTCATGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCA
TCATGTATCTGTGTATGTACTCTAGAGGGCCGGAGAAGAGATTCATGTGGTCGTCAGTCTTTGAGATAGGCTTGTGATTTGCATGACCGAGGAGCTGCAC
CGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCCTGATCCATCCATT
dot-bracket secondary structure
..((((..((((((.((.(((((((((((.(((.(((((.((..((((.....((.(((((((...(((.((((.(((((.....(((...(((((((((
...((..((((.((....))..)))).(((((..(((....)))...)))))..)).....)))))))))...))).....))))).)))).)))...))
)).)))..))..))))..)).))))).))).))))))))))).))..))))))..))))
SIMILARITIES| miRBase sbi-MIR159: 3e-117 PMRD sof-miR159a: 9e-84 microPC miR319: 4e-21 | UniProt no hits RFAM MIR159: 1e-126 | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
