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Species belonging to selected taxon:

Panicum virgatum



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST001809
species: Panicum virgatum
miRNA family: MIRf341
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Panicum virgatum Panicum Paniceae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
AGTTACTCCCTCCGTTCCAAA

miRNA*
CTGAATGGGGTGGAGTAGCTTT

mismatches: 4
bulges: 1

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pre-miRNA
AAATTAAGGTTAGTTACTCCCTCCGTTCCAAAATGTAGCAGTGACTTCTGCTCCGAGACTTACGCACCATGACTCTGAACAACCACTAATGTGCCAATAT
GTCAGGGTGGAGACAACACCTTAAAAATGGCTTTTATCTTGGCAACACCACAGTGAAAATAGATCTTCAAGTTCACGGACAAGTGCAAACAGAACAGCTG
TGGCCTGCATAGTGCTTGCAGGGCTTCCATGTTTGCACCCCAGGTCACAGAGCTGCTTGAATCATGCTCTGAGCAGTCAGATAATAAAGTAATGGGACGA
TCTCATTCTACAGCTGCAGCCATCTGCCATTATGCAGACTTGAATCCATGTCAACAACTCGTGTGCATACAAAGGTACCAGAAGGGGAGGCTCGTAGTCT
TTTTCAATACAATCAGACGCAATTGCTGAATTAGTTTTAGGAGTGTTTAAGAGCAACTAATGCCATCGGGGGAGCTGCTGGGCCCTATTGTATATAGCGG
TGACAGTCTGACAGATGTAGCTGAATGGGGTGGAGTAGCTTTGCTTATCA


dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase tae-MIR1137: 0.0005

PMRD osa-miRf11780-akr: 0.0001

microPC miR1439: 0.00003
UniProt no hits

RFAM no hits
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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