ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
miRNA family: MIR319
source: microPC, original name: miR319
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGGACTGAAGGGAGCTCC miRNA* AGCTCCCTTCAATCCAAGA mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
GGAGCTCCCTTCAATCCAAGAAATGCGTGTTTAGTGACAGTACATCTCCTGCGTCATGCACACCACTATCCTGTCATGCAGGTCGATTGATTGATTTGTT
CAGGCTGCTGGAGAGTCACGGACAGGGAAGTAGAATGCATGAATCAGCAGCTGAACCACCGCTGCACAAGCTTTGGTTGGACTGAAGGGAGCTCC
dot-bracket secondary structure
(((((((((((((.(((((..((.((.(((.(((((...((...((..((((.(((((((..(.(((.(((((((..(((((((((....))))))))).
..((((.......))))...))))))).))).)..)))))))....))))..))))...))))).))).)).))..))))).)))))))))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
GGAGCTCCCTTCAATCCAAGAAATGCGTGTTTAGTGACAGTACATCTCCTGCGTCATGCACACCACTATCCTGTCATGCAGGTCGATTGATTGATTTGTT
CAGGCTGCTGGAGAGTCACGGACAGGGAAGTAGAATGCATGAATCAGCAGCTGAACCACCGCTGCACAAGCTTTGGTTGGACTGAAGGGAGCTCC
dot-bracket secondary structure
(((((((((((((.(((((..((.((.(((.(((((...((...((..((((.(((((((..(.(((.(((((((..(((((((((....))))))))).
..((((.......))))...))))))).))).)..)))))))....))))..))))...))))).))).)).))..))))).)))))))))))))
SIMILARITIES| miRBase pta-MIR319: 2e-108 PMRD pta-miR319: 2e-108 microPC miR319: 6e-72 | UniProt no hits RFAM MIR159: 0.0002 |
Identical with: pta-miR159a from PMRD (MNEST051553) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
