miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse
Home
Browse miRNAs
Deep-seq predictions
Mirtrons
miRNA genes
Degradomes
Download
Upload
Contact
Species belonging to selected taxon:
Pinus taeda
ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST051557
species:
Pinus taeda
source:
PMRD, original name:
pta-miR163b
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda
Pinus
Pinus
Pinaceae
Coniferales
Coniferopsida
Coniferophyta
Spermatophyta
Euphyllophyta
Tracheophyta
Embryophyta
Streptophytina
Streptophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TGAAGAAGACTTGGAGCTTCGA
miRNA*
GAATGTTTTAAAATTCATCA
mismatches:
6
bulges:
2
View larger
pre-miRNA
TGAAGAAGACTTGGAGCTTCGA
CTTGGACTGGCAGTTACAGGAAGGACATCAGCAGAGCACAATCCCCGTCGCAGGCATGGTAGAGTTCCTCCAAATAAG
CCAATTGTTCTTTGTGATGATGCTGGAGAAGCTGATCAAAGTTCTTCCAAGAAGAGGAGGACTGGACAGCAATTAAGCAGTGATGTTCAATCTGATGAAT
CAAAGGAAGTTAAGCTCACATGTGCAATTTGTATATCCACGATGGAGGAGGAGACATCAACTATATGTGGGCACATCTTCTGTAAAAAATGCATTACAAA
TGCTATACATCGATGGAAGAGATGCCCAACTTGCAGGAAAAAACTTGCAATCAACAACATCCACCGTATCTATATTTCTAGCAGCACTGGTTAGCTATTC
ATCGTTGTACTTGTTGCCAAATTCTGCTAGTTCGTAGGAGAAGCTATGTGATTGTACTTCCTTATGTGTGACATAAGAGAATGTCAAAAGAGACATTTCT
CGCACTTGTTCTTTATCTGCACGTTAAAATGTTTTTAGAAACATCTGCCAAAGCACTGACGATGATATTTACAACTTGAATGATGACGAAGGCTATTGGA
ACAGCCATTGGGATCTATTTACATGATGTT
GAATGTTTTAAAATTCATCA
dot-bracket secondary structure
.((.(((...((((((((((..
(((((((.....))).))))...(((((((...............((((((((((.(((((((.((((((((.((...
((((.......))).)...))..)))))..((((.((..((((((((........)))))))).))))))....(((((.((((((.((....((((((.
..((((((((...(.(((((((.(((((..(((((...(((((((.((.(((...............((((((..((((((((.......((((.....)
))).........))))))))..))))))..(((((((......))))))).........))).)).............(((((((....))).)))).))
))))))))))..)))))....((((((......)))))).....))))))).)..))))))))..((((((.....((((.((((......)))))))))
)))))......)))))))).))))))...)))))...)))...)))))))..)).))).)))))............((((((((..(((.((((......
..)))).)))..))).)))))..)))))))
))).)))))))..))).)).
SIMILARITIES
miRBase
no hits
PMRD
pta-miR163a
:
6e-47
microPC
no hits
UniProt
sp|Q54S31|PEX10_DICDI: 0.00000004
RFAM
no hits
Identical with:
pta-miR163a
from PMRD (
MNEST051556
)
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
not a miRNA
download this record