ABOUT THIS RECORDspecies: Solanum tuberosum
miRNA family: MIR157
source: PMRD, original name: stu-miR157b
Taxonomy by NCBI:
Solanum tuberosum Solanum Solaneae Solanoideae Solanaceae Solanales lamiids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGACAGAAGAGAGAGAGCAC miRNA* mismatches: 4 bulges: 426 |
pre-miRNA
GTCATTCATAGGTGGAACCTGTGCAGTTATGTTCAAAAGTTGAAGAATCAAGAAATTACAATTCTTGGGAATTCATGGCACTGGCAAACAAAAATTTACT
GCATAATTCATAATATTAGACTTTCTTAATAGTTTAAAAGCCCAACCTATATATTATATACCAGTACTAAACAGACCTTCTGCTTCATCCAAGTTTTGAC
ATGTCAAAAGGGCAAAATGGGAAGGTCGCCAAATCCTGAAAATACACCAACACATCAGATGTTGGCTTCAGTTCAATGCATTGAGATAAAAGTCTGTGTC
GAATGGAGCTTTGAACACTCCCATTTCCTGAAAGCTACCGCCACTGTTACTATTAGCAGCCAATGTATGGTAATGAGTATCGGATGAATGTTGTCCAGCC
TGCTGCCAGTATTGACTGGACATATGCGGCACACCCTGTGGAATTGCCTGCATCATCTGCTCGGGCATGCTGGTTTGATTTGCATGGTTGAGTGAAACAG
TCTCAGGCTCGGATGAACCCCAGGAATTAGTTGACAGAAGAGAGAGAGCACGAGGAAATTCCGGTCCTGTAGCCATATTGAACATGGATTCCTTGGCACC
TCGATTAAAAACCTCGG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase far-MIR156b: 0.00003 PMRD stu-miR156c: 3e-42 microPC miR157: 0.0005 | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: stu-miR156c from PMRD (MNEST054658) |
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