miRNEST 2.0: an integrative microRNA resource miRNEST 2.0, an integrative microRNA resource :: Browse

Species belonging to selected taxon:

Solanum habrochaites, Solanum lycopersicum, Solanum melongena, Solanum pennellii, Solanum torvum, Capsicum annuum, Solanum tuberosum



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST007353
species: Solanum tuberosum
miRNA family: miR2928
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Solanum tuberosum Solanum Solaneae Solanoideae Solanaceae Solanales lamiids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TAGAAGATGACATTTTGTTGG

miRNA*
AACAGAGTTGTCAAATTTCTCCA

mismatches: 3
bulges: 2

View larger
pre-miRNA
AGAAGTAGAAGATGACATTTTGTTGGTGACTTTGGTCTCAAAAGAGTGCTTATCATTGTTTAGTTAATTTATTTACAGTATGTTATTTGTCTTATTTTAC
TTTAGTAAACTATTTATTGGAACCTATTTCAAAAATTAGTTTTTTTTAGTTGATAGTCTTTCGAAAACATATTTTATATCCAGCAAGAGGTAAGAATAAA
ATTTATATACATTCCATGACCCCATTTATGAGATCATATTGGATATGTTGTTGTTGTTTATTTCAGTAAATTGCTTACGTAGTATATAGTATTGTACCTT
AATTGAATGTTTGATGCATGTTTGATGCATGTTTGTGTGGCGGTGAAGCAATATTTGATCCTTTGTATGCAATAATATTTTTTTTGTTGAAGATCGTTCA
ACTGATCATCTTGAATCTAGCTAGTTTCTGTGATATAAAAGAGCCAATTTGTGGTTACAAAAGATAACCACCGTTTTTATATACTTCATATAATATTTGT
AAGAATGATCCTTGTTTTTTACTTTTTGAACTTAGAAATGATTTAGATGCTTTAATTTAAAATTTTAAGCATCTTGTAGTCTTGCTTTTTTGCATTATAT
GCCTTTTTTGCTGTAACATTTGTTCAAGAAATTTGCATTCTTGTACAATGGGAATTGTGAAATAATATTCGTAGGGAATATCCAAGCATTATTATCATCA
TTATATGCGACACATGGCATTATACTCTTGGGGACCAAAGTTCACAAACAGAGTTGTCAAATTTCTCCATC


dot-bracket secondary structure
......(((((.((((((((((((.((((((((((((((..(((((((....((((((((..((((....((.((.((((((((.((((..(((((..((
(..((.((((((.((.((((((....)))))).)).)))))).))..))).))))).....)))))))))))).)).)).((((((((((((.(((..((
((..(((.(((((((((((...((....))...)))...)))).))))...))).))))..))).(((((((((.((((.((.((..(((((((((((((
(..(((((.....((((((.....)))))))))))..))).)))...))))))))..)).)).)))).)))))...((((((...(((.((((..((..(
((.((((((......(((.((....((.(((((((((.((((((......(((((((.......))))))).)))))).))))..))))).)).....))
.)))))))))...)))....)).)))).)))..))))))((((.((((((((.((((...))))..))))))))...)))).(((......))))))).)
)))))..))))))))))..((((.((((((.......)))))).)))).(..(((.((((..(((((...((..(((...)))..))..))))))))).)
))...)..)))).)))).....))))))).)))))))))).)))).))))))).)))))..))))).....



SIMILARITIES
miRBase no hits

PMRD no hits

microPC no hits
UniProt no hits

RFAM no hits
most similar mature miRNAs

MORE

miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record





Liczniki na strone;