mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGGAGTACT TACTCCCTCCGTCCCAAAATA TGCACTCTTGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGACGCAGATTTAGTACTAAATTAGTATAAATTTTGTACTAGATCAACGACACTTATTTTGGGACAGAGGGAGTACTATATTTC GTGGAGAAAGCTCATTGGCTTGGAGAGAGGATTAAGGAACGGATATTGCAAACGGTTTGAAAACCTTAATTTGCACGTCTTATTTGTTTATGTTGCTATCATGTCTGAAAACGATTCTGTATTATGTTGTTTACTTTTAATGAATGCATCTTAATCTGTCTCTCTTGTATGCACTCTTGTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGACGCAGATTTAGTACTAAATTAGTATAAATTTTGTACTAGATCAACGACACTTATTTTGGGACAGAGGGAGTACTATATTTCATATTTAGAGAGGTTTACAATTTAAGTTTCTGTTTGCCCAGGAAAAGAACAGGATTAATAAAGATGGTGAACTTGTGATGTCTTCTACAAAAACTAGGACACAGAAGGGCAATATTGAAGATGCTTTGCAGAAAATACAGGCGATCATTAATGCTGCGTCATATGTTCCTCCACCGCCTTCAGAAGAGCAAAAGAAGAAAATTGAAAAAATTGCTGCAGCCGCTGAGAGGAACAGAATGCAAAGCAAGAAGGTGCTCTCACAGAAGAAAGAATTGAGAAGGAGCAAACCCAGCTGGGACTGATTGCAGGATAACG 2 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-28 osa-MIR1862d 0.000006 -54 .........((((((((((.(((((((((((((((.((..((((((((((.(((((......))))).))))))))))..)).))))))))))))))).))))))))))........ (-54)