mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCTGTCCCAAAATAAGTGT AGTTATTTTGGGACAGAGGAA AGAATATACTCTTAGATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTATACTAGCTTTAGTACAAATTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTACACTACA AAAAAAACGTAGTTAGCCCCAAATGCCTATGCTAGAACATGCTGCCTAGCTTCCCCACTAGTGGAAATTACATCTTGTAGCTTCCCCACTGGTCCTATCTAGAACATCACTACTAGGGACCGAGAATATACTCTTAGATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTATACTAGCTTTAGTACAAATTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTACACTACAAAAGACTGCCAGAATATCAAAATACGTGTTTGTTGNCACACCTTCCTTGCTTGACACAACCCGTCGAGACGATT 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-31 far-MIR1122 0.000006 -50.4 ...........((((.((((.(((((((((((((((((.(((((((..........(((((.((((((....)))))))))))))))))).))))))))))))))))).))))))))........... (-50.4)