mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGGACAGAGGAAGTACT ATACTCCCTCTGTCCCAAAATA TATACTCTTAGATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTATACTAGCTTTAGTACAAATTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTACA CCAGGGCGAATCTAGTATACATCTATTCGGTCCCAATCGAATCCATACATCCTTCAGTGATCTAGTCTTTCTCATTGCTCACTAGTGGAAATTACACCTTAAAAAAACGTAGTTAGCCCCAAATCCTATCTAGAACATCTCCTAGCTTCCCCACTAGTGGAAATTACATCTTGTAGCTTCCCCACTGGTCCTATCTAGAACATCACTACTAGGGACCGAGAATATACTCTTAGATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTATACTAGCTTTAGTACAAATTTGTACTAAGCTTGAGACAGTTATTTTGGGACAGAGGAAGTACTAAATTACACTACAAAAGACTGCCAGAATATCAAAATACGTGTTTGTTGTCACACCTTCCTTGCTTGACACAACCCGTCGAGACGATTTTTCTCAGTTCTTTTTCCACTATAGGCATCTAAAATGCCCTCTTTTGCATCTTAGCCAGGTAAATTACCAAACTAGGAGACTCAACGTCTTCTCCCAGAACATTGACTTAATAATACTTTCCAGCAGAAGGTAATATCAGTATTACAATAGCACAAAAGTTGAGAATCTCAGCGCTTGTATACCAGGAACTTAGAACGCAGGAGCAAGGATTTCCGG 1 1 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-31 far-MIR1122 0.000006 -50.4 .......((((.((((.(((((((((((((((((.(((((((..........(((((.((((((....)))))))))))))))))).))))))))))))))))).))))))))...... (-50.4)