mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGGAACGGAGGGAGTATGT CCTAAACTAGCAACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGATATTTTACTAGGAATCTACATATGAAGCAAAATGAATGAATCTACACTCTATAAGATGTCTATATACATACGTATGTAGTCCACTAATGATACCTCTTTAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATGTCGTAATTT CAGCTTTGTTCTGCTCATAGTCCTTTTCTTCTCTTTTGGTGTACTTAGATACTTGTGTAGAGATATACATCAAGATGGACAACCCTCCGAGTACACAGGACATGTCCTACTATGATCATGTTCAGAAGCGCCATGAGGAGAAAGGCTGCTTATATGCATGGTGTGGTACATCTACTTCCTCTCCGGCAAAGCTTTCTTACAAAACATTTCCAGCACCTATCGTTATTAAGGCCCCAGTTTGGTGAGGGACTGCCATTCAGGGAGCCTGTTTACACTGTGCTGTTGCTTCTGCTGCTACGAGACCTGCGAGTGCTGCATGGAGTCCTTGTGCTGCTGCGGCTAATTTTAGCTGGATATTTCTGGTAATGGAGATCTGGCAGGTTGGGCTGTTCTGTGGAAACCCATATCATTTCGCCTTGGTGAGATAGTGAAGTATGTGCTTGTTCGAATAAAAACTGTAGTTACGTCTCTATTGTCATGTACCCCTTCCCTAAACTAGCAACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGATATTTTACTAGGAATCTACATATGAAGCAAAATGAATGAATCTACACTCTATAAGATGTCTATATACATACGTATGTAGTCCACTAATGATACCTCTTTAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATGTCGTAATTTTCTCGCAAAAAAGGAGAGTATATTGG 0 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-40 tae-MIR1122 2e-16 -62.7 .........((((((((((((((((((((((((((((((((.((((....(((.(((....(((((((((.........((....((((..........)))).))..........)))))))))....))).)))....)))).))))))))))))))))))))))))))))).)))........ (-62.7)