mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGGAATAGAGGGAGTAGT CCGGCGCCTATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAGATTTCACTAATGGTCTACATACGGATCAAAATGAGTGAATCTACATTTTAAAATATGTCTATATACATCCGTACGTAGTTCATTAGTAAAATCGTTAGAAAGACTTATATTTAGGAATAGAGGGAGTAGTCTATTACT AGACGGTCGATGTCGTCCTTGCTCCCAAAGTAGGGGCAAACATCACTGATGCAACCATCATTTTGTGGCCATGACATGGTGGTATATTGTAAAATCTGGATGGCCACTTGATCAATCATCACATCCGAGCCTGACAAGCACCACCCCTAACTGGCGACGACCTTCTGAATGCTGTATAATCTCGAAACCTAGGTACTCTTTTCTATCTGTACTGCTAGGCAATGCTGTATGATAGTGTCTGACTTCGTGTTCCTGTAAATGACGTCTGGCTACTACTTGCTTGGTGCCGGCGCCTATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAGATTTCACTAATGGTCTACATACGGATCAAAATGAGTGAATCTACATTTTAAAATATGTCTATATACATCCGTACGTAGTTCATTAGTAAAATCGTTAGAAAGACTTATATTTAGGAATAGAGGGAGTAGTCTATTACTACCGAAAAGTATGGAACCATATGCTGTTTCTGTCAAAAAAAAAAAAATTTTGCGGCC 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-46 tae-MIR1126 5e-23 -68.7 .........(((((((((((.(((((((((((((((((((((.((.(((((.((((((((.((((.(((((((((...)))(((.((..((((........))))..)).))).)))))).)))).)))))))).))))).)).))))))))))))))))))))).)))))))))))........ (-68.7)