mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGGAACGGAGGGAGTACG GTCGAAAATTATTGTCAGTGATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAGATTTCACTAAGAGACTACATACAAAACAAAATGAGTGAATCTATACTTTAAAGTATGTCTAAATACATCAGTATGTAGTCCTATAATGAAACCTCTAAAAAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTACGATGTATGCATGGTGCGATGT CTCGGGCTACTCAAGCCCAACGGCAAGATGATCATGGTCGGCCTCCCAGAGCAGCCTATCGAGGTCCCTCCCTTTGCTCTGGTTGCCAGGAACAAGACCCTGGCCGGGAGCTGCATCGGCGGCATGAGGGACACCCAGGAGATGCTGGACCTCGCGGCGAAGCACGGCGTGACGGCAGACATCGAGGTGATAAGCGCGGAGTACGTGAACACAGCGATGGAGCGCCTTGCCAAGGCTGACGTCAGGTATCGATTCGTCATCGACATCGCCAACACCCTCGACAAGGCCGCCGCTGCAGCCACAACCGAGTGACCGCCGACGTAACTCTAAGCGCTGCTCGCGGTCTACGTTGGTCTCTGGTTCTCTGCTGTTATCACATACTTTATCAGTAGTACTAGTAACATTGAACAGTCGAAAATTATTGTCAGTGATGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAGATTTCACTAAGAGACTACATACAAAACAAAATGAGTGAATCTATACTTTAAAGTATGTCTAAATACATCAGTATGTAGTCCTATAATGAAACCTCTAAAAAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTACGATGTATGCATGGTGCGATGTTGTTCGTGGGAAAACTGCGTTGATGATGGACGGACAAGTTGGCTTCTTGCCGGTAATAATGGACTG 0 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-30 tae-MIR1122 3e-18 -77.1 ((((...(((((.((..(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((.((((.((((((((((.........((((((....((((((....))))))......))).))))))))))))))).)).))))).))))....)))))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))).)))).. (-77.1)