mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGGAACGGAGGAAGTATT CAGTTATGATCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTGTAGAGATTTCACTAGTGGGCTACATACGGATGTATATAGACATACTTTAGAGTGTACATTCAATCATTTTGCTCCGTATGTAGACATATAGTGAAATCGCTTAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGAAGTATTATGCTAAC GCGATTTGCATCAGAGTTGTCTATACATGGAGAAAATTACTCTGATCAAGTTAGTTTGGAGTTGGACAACCTGATTATCTTTGTGCACATTAAGTGTCATGACATTTACTCTGACTCATGTTCCAGTTTTATTTAATTGGCCACGTGTGGAGAGATGTAAGTACTGAAAGGATGACCATTTTGTTAAACTAACAAAGATAATCGTTGCCTATAACTACTGCAGTGGATTGACCAATTCCAACTATACGGAACTCGCTCAGTTGTATGAGAAGTACAAGGACCAGGGTATGATCTATCTGCACATGGATTAGTCCTTGATTTTCAGTTATGATCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTGTAGAGATTTCACTAGTGGGCTACATACGGATGTATATAGACATACTTTAGAGTGTACATTCAATCATTTTGCTCCGTATGTAGACATATAGTGAAATCGCTTAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGAAGTATTATGCTAACAATTTGATTTGACCAACAGGTTTTGAGATCCTTGCTTTCCCATGCAACCAGTTTGGTGGGCAGGAACCTGGCACTAATGAGGAAATTGTTCAGTTTGCTTGCACTCGCTTCAAGGCCGAGTATCCAATTTTTGACAAGGTAAATGTGTACTTAATATTTCTTCCTTCCTTCCTTTT 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-79 tae-MIR1126 1e-26 -73.6 .(((.((((..((((.(((((((((((((((((((((((((..((.(((((((((((((..((((((((((((((((((..............)))))))..............))))))))))).))).)))))))))).))..))))))))))))))))))))))))).)))))))))))... (-73.6)