mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGTAAAGCTCAGGAGGGATA TCCATCCTGAGTTTCATGGGT TTAATATGGTGTGGAAGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCACGAAAGCATCGGCGATGATCCGTTGTTTGTGAAGAGTTTTTATGCTCTTTGATTTTCTGTAGCGCTATCCATCCTGAGTTTCATGGGTTCTTCACACTGCTTCTA TATCAGAAGCATTTAATGTCACATACCGGTTGCTAGCTATCCTTCTACCATTTCATTTCAATTTTTTTTATATATATATACAATAAAAGGGTAGTAGTATTGGTGATCTTATTACATACATATATAGCACTTCATCTTCTTCTTCACAATGGTGTGAGTTTTTTTTTTTTAATATGGTGTGGAAGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCACGAAAGCATCGGCGATGATCCGTTGTTTGTGAAGAGTTTTTATGCTCTTTGATTTTCTGTAGCGCTATCCATCCTGAGTTTCATGGGTTCTTCACACTGCTTCTAATGAATCTTTGGATTTTTTTTTGGGATGTGTGGATGAATATGTTCTATGCTTTCATCATAAGAAGAAGAAAAACGTAACACCAATATTGGATTATTGGTCCCTCATAATAATCATGCACTATACAAGAGCAAGCAGCTTGGTTAGAATGAATATGGAGAAAAATGGTGGAGAGAAAAAAAAATATGTAAGGCTATAGATTATCAAGTTCTTATTTTCTTTCTCTTTTTGTTTTCATCAAAGTATTCACTTATATTAATTTTGTGTGTCCTTTGGTATAATATT 2 0 5' arm Arachis_duranensis mirnest MIR390 0.000000000002 bna-MIR390b 0.000000000002 -63.2 .......((((((.((((((((((.((((((((((.(((((((((.(((((((((.(((((......)))))..)))(((((((......)))))))...)))).)).))))))))).)))))))))).))))))))))))))))....... (-63.2)