mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTA CTTATATTTAGGAACGGAGGG AGCATATCATCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTATTTTAAGATATTTCATTAGGAATCTACATACAGAGCAAAATAAGTGAATCTACACTCTAAAATATGTCTATATACATCCGTATGTAGTTCATCATGAAACCTCTTTAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATAAGGTACGG ACTGTCAATCTGTCGTTTGCTACAGTTGGGCTTCAACTCTGAAGCTCTGTTCATTATAGCAATCTGTGTCTCTTAGAGAAAACCTACAATCATCTTCTGCAGCTTCTATCAACCAGCATATCATCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTATTTTAAGATATTTCATTAGGAATCTACATACAGAGCAAAATAAGTGAATCTACACTCTAAAATATGTCTATATACATCCGTATGTAGTTCATCATGAAACCTCTTTAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATAAGGTACGGGACCTCCCTTATTTTCCATTTACAGAGCTGGTGGTCCACAATGATGCAAATTAATGTCAAGTTGGCTGGACCTTCATTTGGCTTCAGAAGCAGGTTCATTTTCACCCCCAAAAAAAGCCTTCATTGAAATTCATATGTGAAGGGCTATTGAGATGGCAAACCCTCAGTTCTGTCC 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-43 tae-MIR1126 8e-28 -60.4 ....((((...((((((((((((((((((((((((((.(((.((((..((((((...(((.((((((((.((.....(((((((......))))............))).....)).)))))))))))...))))))..)))).))).))))))))))))))))))))))))))...))))... (-60.4)