mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTC CTTATATTTAGAAACGGAGGG CGCAACCGAGGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTAAAGAGATTTCACTAGTGGACTACATACGGATGTATATAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTATGCTCTGTATGTAGACTCATAATGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTATGATATAGTT CACTCAAGATTATATGGAATCAGGAACGCAAAAGAAAGGGTAGGCAACATCCAAGGACTAAAAGACATGTTCAAGTAAATCAATTTACGAGAGACCTCTTCTAAATTGATGACGTTTTCATGTTGATTGTTTTGCTTCAATTTCCGCCGCAACCGAGGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTAAAGAGATTTCACTAGTGGACTACATACGGATGTATATAGACATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTATGCTCTGTATGTAGACTCATAATGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTATGATATAGTTATACAAAAAGTCACCGCGTCATTTGTACTTCTGTCCTCCCACACTTCAGCCATCGTAAACTGTAAAGAGAACATATACACCTGAGAATTCTCAAAATCAGCAAGCCATAGCTACAGAAAAACAAAATCTCATATCAAACTCAAGATGCAGCTTGGGCTGCACCAAGTTTCTTGGCACCCTTGTGCAGATTCTTTTTTGAATCGTTCTT 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-53 tae-MIR1126 2e-25 -73.4 ..........((((((((((((((.((((((((((((((((.((((.((((((.((..((.(((((((((((.(((((((((.....))))(((((......)))))..)))))))))))))))).))..)).)))))).)))).)))))))))))))))).))))))))))))))......... (-73.4)