mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCGTTCCTAAATATAAGTC CTTATATTTTGGAACAGAGGC TGATGTACTCCTTCCGTTCCTAAATATAAGTCATTTTAGAGATTCCACTATGGACTACATACGGATGTATATAGACATACTGTAGAGTGTACAATCACTCGTTTTGCTCCGTATGTTGTCCGTAGTAGAATCTCTAAAAATACTTATATTTTGGAACAGAGGCAGTAGCTG CGGCACGAGGCGAGGACTCACGTGTGTGGTGTCTCACATGGAAACGGGAGGACTGGATGCCCCCTTCTAGGTCAGCCTGCTCACATGGGCTTGGGCCCTTGCCGGTTCAACAGGAGGTATGGTGGATTCTACTCTAGGAAACTTGCACAAGAACATACTGTGCCAAGTGTTGTGTTACTTCTGATTTTGTATTTGACAAAGTTTAATAGGTTTATATGTGAGCCGCCACACACATGTATTAGTACTGCAGCTTTCTAACATCAAAGCGGTAACTTTCTGGTTATGGCACTATAGTAATTATGTGATGTACTCCTTCCGTTCCTAAATATAAGTCATTTTAGAGATTCCACTATGGACTACATACGGATGTATATAGACATACTGTAGAGTGTACAATCACTCGTTTTGCTCCGTATGTTGTCCGTAGTAGAATCTCTAAAAATACTTATATTTTGGAACAGAGGCAGTAGCTGTGTAAATTGTGGGCTGTATTTCTTTCATAATCTAGCACTGCCATGTTATGTATGATAGTTACTTGTGTTGAATGGTTAGGAATGTGTATGCTGACGAAGGTTCAGAGCCTATGGATGCAGCTGCTACCCCTGCTGTCCAGGCATTGGC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-44 tae-MIR1122 5e-29 -69.2 .....((((.((((.(((((.((((((((((..((((((((((((.(((((((((.(((((((((.((((((((.....)))))(((((......)))))....)))))))))))).))))))))).))))))))))))..)))))))))).))))).)))).)))).... (-69.2)