mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGTC CTTATATTTAGGAACGGAGGG GCAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAAGTTTCACTAAAATGACTACATGCGGATGTATATAGACATACTTTAAAATATAGATTCATTCATTTTGCTCCGTATGTAGCCCTCTAGTGAAATGTCTAAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATATC CGGCACGAGGATTTATTTAGCTGCAACAGACTCTTGTTGAATTATAATTTTGCTGTCCTGACATTAACACTGGCGAATTGAAAATTTTGTAATTGAAGCCTGCCTTTTTTGCCAATTCGTAACTTGTGGTGAATGAACCTGGGATGCACGCCTTTTATCATTTCCGTGGGTTCTGAATACTTTTCTTGCTGACTGCTTTTCTGCCACTTCATGTTTTTCTCTATCTAGAGTTTATGAGATTCTATCTGTCTTTTGTTGCATTGGAAGGTATTGTTGTACCATCTTTAGCAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAAGTTTCACTAAAATGACTACATGCGGATGTATATAGACATACTTTAAAATATAGATTCATTCATTTTGCTCCGTATGTAGCCCTCTAGTGAAATGTCTAAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATATCTCTATATATTTGAGGTGATTTAATGTGCATTTGTAGAGCATGTTCCCGTATTCCCAAGACAAAAAACATGGGATCCCTACAAGCTTCTTGGTGTTGACCATGATGCCTCTGAAGAAGAGATCAATAGTGCAAGGAACTTCCTTCTTCAACAATACGCTGGGAATGAAGAAAGCGAAGAGGCAATTGAAGGTGCCTATG 0 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-56 tae-MIR1126 1e-17 -74.5 .....(((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((......(((((((((((.((((......))))..((((((............)))))).))))))))))).....))))))))).))).))))))))))))))))))))))))))))))).... (-74.5)