mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTTCCTAAATA TTTAGGAACGGAGGGAGTATA TTATGAGATTCTATCTGTCTTTTGTTGCATTGGAAGGTATTGTTGTACCATCTTTAGCAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAAGTTTCACTAAAATGACTACATGCGGATGTATATAGACATACTTTAAAATATAGATTCATTCATTTTGCTCCGTATGTAGCCCTCTAGTGAAATGTCTAAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATATCTCTATATATTTGAGGTGATTTAATGTGCATTTGTAGAGCATGTTCCCGTATTCCCA CGGCACGAGGATTTATTTAGCTGCAACAGACTCTTGTTGAATTATAATTTTGCTGTCCTGACATTAACACTGGCGAATTGAAAATTTTGTAATTGAAGCCTGCCTTTTTTGCCAATTCGTAACTTGTGGTGAATGAACCTGGGATGCACGCCTTTTATCATTTCCGTGGGTTCTGAATACTTTTCTTGCTGACTGCTTTTCTGCCACTTCATGTTTTTCTCTATCTAGAGTTTATGAGATTCTATCTGTCTTTTGTTGCATTGGAAGGTATTGTTGTACCATCTTTAGCAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAGAAGTTTCACTAAAATGACTACATGCGGATGTATATAGACATACTTTAAAATATAGATTCATTCATTTTGCTCCGTATGTAGCCCTCTAGTGAAATGTCTAAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTATATCTCTATATATTTGAGGTGATTTAATGTGCATTTGTAGAGCATGTTCCCGTATTCCCAAGACAAAAAACATGGGATCCCTACAAGCTTCTTGGTGTTGACCATGATGCCTCTGAAGAAGAGATCAATAGTGCAAGGAACTTCCTTCTTCAACAATACGCTGGGAATGAAGAAAGCGAAGAGGCAATTGAAGGTGCCTATG 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-55 tae-MIR1126 2e-17 -97.3 ....(((((.......)))))..(((((...(((.(((((....))))).)))...))))).((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((......(((((((((((.((((......))))..((((((............)))))).))))))))))).....))))))))).))).)))))))))))))))))))))))))))))).((((((.........))))))....(((((((.........)))))))............ (-97.3)