mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTACTCCCTCCGTTCCTAAA TAGGAACGGAGGGCGTACATC TAATAAACACTGAATAAATGGACTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAAAGGTTTCACTAATAGAGTACATACGGATGTATATAGACATACTCTAGAGTGTACATTCAATCATTTTGCTTCGTATCTAAACCTTAGTGAAATCGTTTAACAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGCGTACATCAGTAAAACGTTACTCTAA GGAAACAAAAGCAAAAATATATTGATGAAAACTCAAGCACATACTCCGTCCGTCCCGATATACAATAGATCTATTTCTAGGACAAGTATATTCGGACGGACGAAGTAATAAACACTGAATAAATGGACTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAAAGGTTTCACTAATAGAGTACATACGGATGTATATAGACATACTCTAGAGTGTACATTCAATCATTTTGCTTCGTATCTAAACCTTAGTGAAATCGTTTAACAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGCGTACATCAGTAAAACGTTACTCTAACATTATTATTACATCCAGCAGCCAAACAAACAACATTTAAAAATAACAAATTTTAATTATTCTGGATATCTGCTGGCTCACTTAGACGCTGCAGCGGCAGCCTCTCGTGCCTTGGCGAACTCAACCAGCCTGCCCACATCCGGCAAGGCCGCCTTTGCCGCGTCGATCGCGCTGAAGCGCTCCACCCACGCGGCCAGGAGCGGAGTCTTGACGGCGTCGAAGGTCTTGTCACCGGAAAGCACATCGGTCACCTTCATCCACGAGAGC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-53 tae-MIR1122 0.000000000000003 -64.2 .......................(((.((((((((((((((((((((((((.((.((.(((((((((((.....((.(((((((((((((((((.....))))...))))))..............))))))).))....))))))))))).)).)).)))))))))))))))))))))))).)))....(((((....))))).... (-64.2)