mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGAC ATTATATTTAGGAATCGGAGGG AATTATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACTTTTTAAAGATTACACTATGGATTAGATACGGAGCAAAATAAGTGAATCTACATCCTAAAATATGAATACATACATCTGTATGTAGTTTATAATGGAATTTTTAAAAGGTATTATATTTAGGAATCGGAGGGAGTAGTAA ATGTCTTAACTTTGTACTAACCTTAGTATAAAATTATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACTTTTTAAAGATTACACTATGGATTAGATACGGAGCAAAATAAGTGAATCTACATCCTAAAATATGAATACATACATCTGTATGTAGTTTATAATGGAATTTTTAAAAGGTATTATATTTAGGAATCGGAGGGAGTAGTAAGCACGAGAGAGTATTTGAAAGAAAAACAAATCCCCGGCAAAAAGGAGAACGGAAACATGTA 1 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 6e-41 tae-MIR1122 2e-19 -59.937 .....((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((.((.(((((((((.(((((((..........................................))))))).))))))))).)).)))))))))))))).))))))))))))).))))))))))).... (-59.937)