mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGAC CTTACATTTAGGAACGAAGGG ATGGTGCGTGCGATATTCTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACTTTTTTGAGATTTCATTAAAGGACTACATACAAAGCAAAATGAATGAATCTACACCCTAAAGTGTGTCTATATACATCCGTATGTACTTCATTAGTGAAACCTCTAAAAAGACTTACATTTAGGAACGAAGGGAGTATATAGTACAGTATG GGGAGATTAACTACTTCCATGCACGTGGAGTCGCCGGCAATGGCGCATCCAGGGCTTCACCCACATTGCTAGCTCTTCCTTCCATGCATCCCCTCTCTCCGTATATATATCTAGCCACCTACGTACGCTGGCATGCACACCATTATCAAATTCAACTGCGAAAGCACGAGTAAATTAAATACCATGGTGCGTGCGATATTCTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGACTTTTTTGAGATTTCATTAAAGGACTACATACAAAGCAAAATGAATGAATCTACACCCTAAAGTGTGTCTATATACATCCGTATGTACTTCATTAGTGAAACCTCTAAAAAGACTTACATTTAGGAACGAAGGGAGTATATAGTACAGTATGTGACTACCATGTAAGTACACATGAGGCACAGTATTATTTTTTTTCATAAGCCAATCTCATTGTAAGTACGTACAAGTTATTTCAAATATACTTTGTGTT 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-39 tae-MIR1126 5e-20 -63.4 ...((((((((.((((.((((((.(((((((((((.((((.((((((.(((.(((((((((.(((.(((((((........(((.(((....(((((......)))))....))).)))..))))))).))).))))))))).))).)))))).)))).))))))))))).)))))).)))).)))).)))). (-63.4)