mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTCTACTCCCTCCGTTCCTA GGTATGGAGGAAGTATATTAT AAAATTACTATAGTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTCTACATGTTTCACTAATGGACTACATACAGATGTATATAGACATACTTTATATATAGATGCACTAATTTTGCTTCGCATGTAGACACCTAGTGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGGTATGGAGGAAGTATATTATTAAATCAA GGAATAAACCGGCTCCTTGGCGAGCTGGATTAATTAATCAACTACGTAAGTGCGTGCCCGTGCGTGCCGCGTGTAAGTAAGTGTGATGTGTGTGTATCTAGGCAGGGTACGGTTGCCCTGCACTGTACATGCATCACGTACCATGCATGCACGACCTTGTAAATCCTATGTCGAACTCATGGTGTAAATGTCATGTGCATATATCTGTAATAAAATTACTATAGTCTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTCTACATGTTTCACTAATGGACTACATACAGATGTATATAGACATACTTTATATATAGATGCACTAATTTTGCTTCGCATGTAGACACCTAGTGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGGTATGGAGGAAGTATATTATTAAATCAAGGTATGCAGTGCATCTCAGTTTACCGGAACATGC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 4e-39 tae-MIR1126 0.0000002 -57.2 .........(((((.((((.(((((((.(((((((((((((((((....(((((((((((..((.((((((.....((((((((((.....))))))))))((.(((.......))).))..))))))...)))))))))))))....))))))))))))))))).))))))).)))).)))))........ (-57.2)