mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTTAGTCCCGGTTGGTGGC CCCAAACCGGGACTAAAGGGC GTAAGGAGCCTTTAGTCCCGGTTCGTGTCCCAAACCGGGACTAAAGGGCTACGCGGTGGGCAGCCCGCATGTGCGCCACCTTTAGTCCCCGCTCGTGTCCCAAATCGGGACTAAAGGTCTGACACGTGGCCTGCCGTAGTGGTGGCAACCGTTGGTATCCCTCTTTAGTCCCGGTTCGTGTCCCAAACCGGGACTAAAGGCCTAACACATGGCCTGCCGTAGTGGTGGCAACCGTTGGTATCCCTCTTTAGTCCCGGTTGGTGGCTCAACCCGGGACTAAAGGCCCAAACGGTT GTAAGGAGCCTTTAGTCCCGGTTCGTGTCCCAAACCGGGACTAAAGGGCTACGCGGTGGGCAGCCCGCATGTGCGCCACCTTTAGTCCCCGCTCGTGTCCCAAATCGGGACTAAAGGTCTGACACGTGGCCTGCCGTAGTGGTGGCAACCGTTGGTATCCCTCTTTAGTCCCGGTTCGTGTCCCAAACCGGGACTAAAGGCCTAACACATGGCCTGCCGTAGTGGTGGCAACCGTTGGTATCCCTCTTTAGTCCCGGTTGGTGGCTCAACCCGGGACTAAAGGCCCAAACGGTTTGCATCCCGCTTCACAAAACCACAACCGAAGCAGAGTCTCTGTCGCGCCGCCCTTTCTCTGTTCTT 0 2 3' arm Hordeum_vulgare mirnest 100 tae-MIR1117 0.00002 -128.2 ....((.((((((((((((((.....(((((((.(((((((((((((((((((((((((((......((((((((..((((((((((((.................)))))))))))).)).))))))))))))))).)))))((..((((.((((......((((((((((((((.........))))))))))))))(((...(((((((....)))).)))..))).)))).))))..)).))))))))))))))))).))).....))))))))))))))))........ (-128.2)