mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTATTTTGGGACGGAGGGAGT TCCCTCCGTCTCAAAATAAGT TGCAGTCTTGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCGCAAAATTTGTACTAGGTTAGTACAAATTTTATACTAGATCAATGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTAGAATTTAGG CTAGCTGCTTTACATGATATACATAGTGATTTTCTTGCTCTGAGTATGTTTTTTCTCTAAAAGCTATCTGATTACACTGTCAACATCAAATATTAATGGGATTGAAACGTTAGACATGAGTTGCAGGCTTTCAGCAGAATTGAACTTGATAGTAGTTAGGAATAGTGTCTGCATTATATGCTATGTTTTTTCATTGTAATTTCATTACCATGCTTCTAGTACTTGAATATGCATAGTGGAGGGATTTACCTTCAGAATCTAGCAAGAGCATGTCAAATATGGCATTGTACTTGTAGTAACCACCGCTTTGCAGTCTTGTACTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCGCAAAATTTGTACTAGGTTAGTACAAATTTTATACTAGATCAATGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTAGAATTTAGGCTTTCTCTTGCACTTTTGACTGGAGTGTCACCATTGTGATGGATCAGGGCCCCAGGAAGAAGATACTCCTTGCGGTGGCGCCTTACGGAAAACAACGGCACAGATGAGCAGCATGTGCCCTGGGACGTTGGAACATTTGCTGGGAAATGCATTTTTATCGGTGTAAGCAATGCTCTGCTGCGGATCT 0 0 3' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-28 osa-MIR1862c 0.000006 -53.4 ..........((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((...)))))))))))))............))))))))))))))))))))))))))))......... (-53.4)