mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTCCCTCCGTCTCAAAATAA ATTTTGAGGCGGAGCGAGTAT CTTACAGTATGCTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAGCTTTATACTAGTTTTAGTATAAAGTTATACTAAGCTTGAAACATTTATTTTGAGGCGGAGCGAGTATTAATCAT AGGTTTGGCAAGTGGCCACACAAACAAGTCTGCCTCAATCACTGGGAACTGGGGATAGACTCTAGGTTTTGGCTTTGCCGGCACCGGCAAATAATGTACTCCGCCACTTACAGTATGCTCCCTCCGTCTCAAAATAAGTGTCTCAGCTTTATACTAGTTTTAGTATAAAGTTATACTAAGCTTGAAACATTTATTTTGAGGCGGAGCGAGTATTAATCATGCACAGAAAATAAATTACATAGAGAGATAGCTATATTATATACACCACCGGACAAACTTCAGGCGACGGTCTACCCAATACTTGTGATTCCGTTTTTCTCCCCCCTTCTTCCAGCTGCCATCATTTTCCCCAGCACCTTGTTTCATTCACAAGCAATCTTGGTATCAAAACTGCTTAGACATATTGCAAATGATTGAAATGCTGATATCGGGTAGCGGTAGTCCATGGTGAACAAGTCTTTGCCTATCTTTCCAAACTGGAGAATCACCTTGTCATGCTCCTGGCTAACTGGTCCATTGTCATCTGAAGCCACCAGCTGAAAGTTCTTCACTGACGCAACCGTCACCCGCCCACGGAAATTGAGGCACCAACATTGCAGTTGTTCATGCCACCGAGGAGACTTGTTCTTCAGCACCAGCTTCTCTTCGTCCTGAGCCTGAGCGGGTGCACTGTCTATCCGAGCAGATTTAGATCTGAAGAATGGAATCGACGGGAAGGAGTCAAGGTTGCT 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 5e-19 osa-MIR812k 0.0003 -43.8 ........((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((....)))))))))))...........))).)))))))))))))))))))).))))))....... (-43.8)