mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCAGTCCCAAAATAAGTGT ACTTATTTTGGGACAGAGGGA AATTTTGTTTCATAATCCCTCAGTCCCAAAATAAGTGTCTTAACTCTAGTACAATTTTGTACTAAAGTTAGTACAAACTTGAGACACTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATGAAGTACTCT ACTTATAGTTNGAATAATCCAGGGTGTTCAAGACATAAGCATCATCGGAAATGACATGCCCTACTGGAGGAACTAATAAGTAAGAGAAACCAAGATAAGGATCAGACCTGGATATCCCGAGCATCCACATGCTGACTGCTCCCAAAGAAGTACAAACATCCAACACATATATGATTTATCAATTTTGTTTCATAATCCCTCAGTCCCAAAATAAGTGTCTTAACTCTAGTACAATTTTGTACTAAAGTTAGTACAAACTTGAGACACTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATGAAGTACTCTGACTCCAGGTTTTAGGGCAAAATATCCAAAAGATGAACCAGTGATCCAAGTTTTATGACACTAGCCAACCAAGAGCTAGCACAGCCAGATAATCCTTCTCGCTACAGACCACCAAATGTCGAGCTCCAAAAGCCAACGCTCACCAGGCAAGAACAAATCTACATCCTGTTACTGATCCCACCAGGATCACATTCGAGCATGAGAACCATTCTCTTATTTAGTGACCTCCACTACAGCACCACCCTGCATCAGCAGGGAGCCAGACGGCGGAGAGTCCTGCAAGGTATGTACAATGGTCTCTGCAGATAGTGTCTCATTCAGCACCTCTATTGCCTGGATAAACATCTCTGCTTCAAGCAACTCCTTTGTAGGGTTGGTTCTCCAATCGCGCATGTTT 1 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-25 tae-MIR1137 0.0000001 -55.9 .......(((((((.((((((.(((((((((((((((((((((((.(((((((....))))))).))))(((....))).))))))))))))))))))).)))))).)))))))...... (-55.9)