mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTCCGTCCTAAAAT TTTAACACGGAAGGAGTATAA CACACTAACTATTACTCCCTCCGTCCTAAAATAAGTGTCTAAAGCTTAATATAACTTTATACTAAAACTAGTATAACGTTGAGACACTTATTTTAACACGGAAGGAGTATAATCCTCATT AAAGCACCAAATATGCACATTGATTTGATAAAAGGGAATAAAAGACTACACACTAACTATTACTCCCTCCGTCCTAAAATAAGTGTCTAAAGCTTAATATAACTTTATACTAAAACTAGTATAACGTTGAGACACTTATTTTAACACGGAAGGAGTATAATCCTCATTGGTTCCTAGACAGCAACAAGACAGAACAGAAATTTATACAGATCCAGCTCATTTATCTGGAGTGAGCTTCAGGTGGGGCAGCAAATCACTAATCACGTTG 4 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-20 far-MIR1122 0.0004 -37.2 ............((((((.(((((..((((((((((((((...........((((.((((((((....)))))))).))))))))))))))))))..))))).))))))........... (-37.2)