mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCTAAAATAAGTGT ACTTATTTTAAGACGGAAAGA ACTACACACTAACTATTACTCCCTCCGTCCTAAAATAAGTGTCTCAAGCTTAATATAACTTTATACTAGAACTAGTATAACGTTGAGACACTTATTTTAAGACGGAAAGAGTATAATCCTCATTGGTT GCCCTTACTAGTCACGTTTAAAAAGAAAAGAAAAAACATCGTACAGATAAAGCACCAAATATGTACATTGATTTGATAAAATGGAATAGAAGACTACACACTAACTATTACTCCCTCCGTCCTAAAATAAGTGTCTCAAGCTTAATATAACTTTATACTAGAACTAGTATAACGTTGAGACACTTATTTTAAGACGGAAAGAGTATAATCCTCATTGGTTCCTAGACAGCAACAAGACAGAACAGAAATTTATACAGATCCAGCTCATTTATCTGGAGTGAGCTTCAGCTGCGGCAGCAAATCACTAATCACGTTGGTCCAATGAGTTCCTCAATCGGTTGCCTTGACTAAAACCATGCAGTTTTTGCAGCACAGCGCCAAACGATCAATCAATCGCGTCTAAAGGAACTGCAAAAGCAAACTGTGCTAACCAAAAGGCATCACCACAGGTAGTTCAAGTAATGATGCTGCTGCCTCCTCTTGAACTCCATGAGGCCTCCATATGTTTGATCTGCTACCCCAATATAGAAGGCCTCCGTGTCTGGGCTGAATGACAAACCAGCTATTTCACCAAAAAAGTCAATCTCATAAGATCTACCATAATC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-22 far-MIR1122 0.000006 -39.9 ................(((((..((((((.((((((((((((((((...........((.((((((((....)))))))).)))))))))))))))))).))))))..)))))....((.....)).. (-39.9)