mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCATAATA TTTTGAGATGGAGGGGGTATA CAGTCAGCATGGTATGTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGAGCGTTTTTGACACTACACTAGTGTTAAAAAACACTTATATTTTGAGATGGAGGGGGTATATTATAGTAACAAA GAAAGAAAGAGATGCTCACTATGAAACCAGTCAGCATGGTATGTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGAGCGTTTTTGACACTACACTAGTGTTAAAAAACACTTATATTTTGAGATGGAGGGGGTATATTATAGTAACAAAATCGACATGGTATTACACATCTCATTCTTACAAATGAATGTAATCAGGCACACTAGTTGTACACCAGCAGTACATAGAAGTTAACACTTTGGACCAGTCAGCAAACACAGAGAAAAGCAACATGTGCCATATAACAGTATTCCAGGGCATCGATACGATGCTTCCGTCCAGCTTGTTCATCATGTTCCCGTATCCAACCTTGACATTTTACACGTAACAAACGAACAGCAGTGGAGTCCCATCCACTCATTCGCGATCCATCCTCATGTCATTATTCTATTTAGGCGGATGCTCTGGCTCTTCCTTGGGATGGGGTCTAGCGATGCAATTACCTGTGGCATGGTCATTCCTCCAGAAACGATAATTTCTGTAGGATCAAATGATTTCAGGGAAG 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-21 tae-MIR1120 0.000000000006 -43.7 ......((.((..((((((((((((((((.((.((((((((....((((((((((((...))))))))))))...)))))))).)).))))))))))))))))..))))...... (-43.7)