mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTATACTCCCTCCGTCCCAA GAGACGGAGGGAGTACTAGTG AGCCCATGGCTTCTTAGTTTATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGGTTTGTGTAGAAATGAATGTATCTAAATAGCAAAACGTGACTAGATACATTTATATCACAAATCTAAGACAAAATATTTGAGACGGAGGGAGTACTAGTGAAAAGTTATGTGTC CATGGCTGTAGAGGAGGGTCAGAAGGATATGGAAATGGATGCCTCTGAACCATCATCTTCCTCAAGGAAGAGGCCTTTCAGTGACATCAATGTGAAAGGAGCAGGTGCTATACCGAACGGTGGCGCTACATACCAGCATGACGGTCATGAGGATGGGAACTAGGAGAGCTGGTGATGTTCTTCCGTTTGTTGTGATTTTGTTATTGCAGGGTAAATTAGCTGTTGTGTTTTCATGGCCCAAAAACTGTTGAGTTCTTGGATAATGGTATAGTTCCACAATGTAGGGTTGTATGATTTAAGCCCATGGCTTCTTAGTTTATACTCCCTCCGTCCCAAAATTCTTGTCTTAGGTTTGTGTAGAAATGAATGTATCTAAATAGCAAAACGTGACTAGATACATTTATATCACAAATCTAAGACAAAATATTTGAGACGGAGGGAGTACTAGTGAAAAGTTATGTGTCTGATAGGATGTTTCAACTTTAGAACCTTGGAGGGATCTAACTGCGTGTTCTCATTGTAGAACAAGTTGGTCGACTACTTCCTGAGAATAAACTTATCTCTTGGGTACTTCACTAAAGTATTTGAATTTCATTCTTTGCTTCTTTTGA 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-28 tae-MIR1122 2e-16 -63.9 .((.((((((((.(((.((..(((((((((((((.((((....((((((((((((((((.....(((((((((((((....((.....))...)))))))))))))..))))))))))))))))....)))).)))))))))))))..))))).)))))))).)). (-63.9)